曾经的黑衣人精英K和J退休后，地球再次面临外星威胁。一支名为“暗影”的外星组织潜入人类社会，企图利用基因改造技术控制全球领袖。新招募的黑衣人菜鸟艾伦，凭借过人的洞察力和与生俱来的幽默感，在资深特工玛莎的带领下，逐步揭开阴谋。他们发现“暗影”首领竟是K多年前放走的罪犯，如今卷土重来。在一场追逐大战中，艾伦意外激活了隐藏的超级武器，却引发连锁反应。最终，他必须做出选择：拯救世界，还是保护无辜的外星难民？一场关于信任与牺牲的较量就此展开。