纽约下水道里，四只被变异药剂改造的忍者龟——莱昂纳多、拉斐尔、米开朗基罗和多纳泰罗，在师父斯普林特的训练下掌握了高超忍术。他们发现反派史莱德正计划利用新型变异剂控制黑帮并召唤外星战士。忍者龟们联合女记者艾普莉尔潜入史莱德的基地，在摩天大楼之巅展开决战。凭借默契配合和勇气，他们击败了史莱德，拯救了纽约。影片融合幽默与动作，彰显团队精神。