少年贵树和少女明里因父母工作转学而分别，约定再见却因暴雪火车晚点，仅匆匆一面。此后，贵树搬离东京，两人书信渐断。贵树在冲浪、打工中成长，却始终无法忘记明里。多年后，贵树成为程序员，明里即将结婚。两人在东京的铁道口擦肩而过，当贵树回头时，一列火车驶过，对面空无一人。樱花飘落的速度每秒5厘米，正如他们被时间推着走向不同的人生轨迹，最终那个没能传达的吻，成了永远的遗憾。