少年侦探工藤新一被黑衣组织灌下毒药后身体缩小，化名江户川柯南，寄住在青梅竹马毛利兰家中。一次偶然的机会，他受邀参加一场神秘的迷宫探险活动，参与者们在一个古老的城堡中寻找传说中的宝石。然而，探险途中接连发生离奇命案，参与者们陷入恐慌。柯南凭借敏锐的观察力和推理能力，发现凶手利用迷宫的复杂结构和完美的不在场证明实施犯罪。在揭露真相的过程中，他意外发现了黑衣组织与宝石背后隐藏的惊天秘密。最终，柯南不仅破解了案件，还保护了重要证据，但黑衣组织的阴影始终笼罩着他。