在平行宇宙交错的公元2024年，神秘组织“克洛诺斯”企图利用时空裂缝改写历史。高中生真司意外觉醒假面骑士ZEZTZ的力量，获得操控时间流速的装甲。他必须在过去、现在与未来三个时间点同时作战，一边阻止克洛诺斯篡改关键事件，一边解开自己父亲失踪的谜团。随着战斗深入，真司发现每次使用能力都会加速自身衰老，而隐藏在组织背后的竟是来自末日未来的自己——那个为了拯救世界而堕入黑暗的“假面骑士破灭”。最终决战中，真司选择牺牲部分寿命，与过去和未来的自己联手，将时空裂隙封印，但代价是永远失去变身能力。