在《占领2》中，上一场战争并未终结，反而引发了更残酷的占领。主角杰克带领残存的抵抗力量躲入地下，利用废弃地铁系统建立秘密基地。敌人新型无人机监控全城，每一个角落都暗藏杀机。杰克策划了一次大胆的突袭：炸毁敌人能源中心，切断其指挥链。行动中，队伍遭遇埋伏，杰克为掩护战友牺牲，但能源中心的爆炸点燃了全城反抗的烽火。最终，幸存者冲出地面，与各地起义军会师，宣告占领者终将被驱逐。