一名海军上尉在潜艇内离奇死亡，尸体被误认为意外。NCIS探员吉布斯率团队介入，发现死者生前曾秘密调查军火走私。线索指向一名退役海豹突击队员，但对方有完美不在场证明。法医达基检验出死者体内有罕见毒素，来源竟是潜艇维生系统。原来，凶手利用系统漏洞制造意外，实为掩盖军火交易中的权力斗争。吉布斯通过逻辑推演，锁定幕后黑手——副舰长，他在审讯中崩溃认罪。正义虽迟但到，深海之谜终被揭开。