地球遭遇外星生命体侵袭，携带神秘能量的巨型海龟怪兽在南海登陆。人类防线崩溃之际，沉睡的哥斯拉觉醒，但单打独斗难以取胜。意外地，古老的守护神摩斯拉现身，与哥斯拉摒弃前嫌携手作战。两者在珊瑚礁海域展开惊天动地的海陆空激战，最终以合体射线击穿怪兽核心，化解灭世危机。本片展现怪兽宇宙的史诗碰撞，哥斯拉首次与敌手联合，颠覆传统认知。