第三季中，外星入侵者揭示了更深的阴谋：它们并非单纯的毁灭者，而是基因采集者，试图改造人类以适配其母星环境。主角团队在幸存者基地发现外星通讯密码，联合全球抵抗力量发动反击。然而，内部叛徒泄露了关键信息，导致一次突袭失败。危急时刻，一名外星叛逃者带来弱点情报——外星女王的核心控制节点位于纽约地下巢穴。主角率精英小队潜入，与改造人、生化兽激战，最终引爆节点。外星舰队失控崩溃，但代价是主角与敌人同归于尽。地球重获自由，而幸存者人数已不足百万。