在《海军罪案调查处：绝密档案》中，特工团队深入调查一起涉及高级军官的离奇死亡案件。死者曾是精英潜艇部队指挥官，现场却留下诡异符号和加密信息。吉布斯带领团队抽丝剥茧，发现案件关联到多年前的军事机密实验。随着调查推进，他们遭遇神秘组织阻挠，甚至内部出现叛徒。在麦基的电脑技术支援和达基的法医分析下，真相逐渐浮出水面：这并非单纯谋杀，而是一场精心策划的复仇。最终，吉布斯在废弃潜艇基地与真凶对峙，揭开了隐藏多年的国家机密。影片融合悬疑、动作与人性探讨，展现了团队协作与正义坚守的力量。