高中生侦探工藤新一因目击黑衣组织交易被灌下毒药，身体缩小后化名江户川柯南，寄住在毛利侦探事务所。他一边借助阿笠博士的发明破获奇案，一边秘密调查黑衣组织的踪迹。在与灰原哀、赤井秀一等伙伴的合作下，柯南逐渐揭开组织首领的神秘面纱，并发现药物APTX4869的真相。剧情融合悬疑、推理与动作元素，多次反转令人拍案叫绝，是日本推理动画的巅峰之作。