在江南小镇的百年老树下，退休植物学家周教授发现树叶在特定季节会发出人耳听不到的微弱振动。他通过特殊仪器将振动转化为人类语言，竟捕捉到一棵古银杏对自然变迁的控诉：它目睹了小镇从青山绿水到工厂林立，地下水被污染，虫鸟逐渐消失。周教授试图将真相公之于众，却遭到既得利益者的阻挠。与此同时，他的孙女小鹿却在梦中与树灵对话，得知树灵正以自身寿命为代价调节生态平衡。影片以虚实交错的手法，展现人与自然的对话。最终，周教授冒着科学声誉被毁的风险，在镇民面前播放了“绿叶私语”。老树在众人凝视下，一片叶子轻轻飘落，仿佛最后的叹息。