电影围绕灰原哀的身份危机展开。灰原哀随少年侦探团乘坐豪华列车，却意外被黑衣组织成员贝尔摩德识破真实身份。在列车这个密闭空间内，柯南、安室透和赤井秀一等正反派势力集结，展开了一场惊心动魄的攻防战。灰原哀多次陷入险境，但凭借冷静与智慧，与柯南合作设计了一个精妙的假死计划。最终列车爆炸，灰原哀假死脱身，暂时摆脱组织追捕。整部作品节奏紧凑，充满悬疑与反转，展现了灰原哀从逃避到勇敢面对的心路历程。