《深夜航班第二季》延续第一季的悬疑风格，故事发生在一次跨洋航班上。机长突然失联，乘客陆续发现座位下隐藏的诡异符号。空乘人员行为异常，仿佛被某种力量操控。主角小林发现所有乘客都曾做过同一个噩梦：午夜12点，飞机将坠入深海。随着时间推移，乘客开始出现幻觉，有人声称看到窗外有巨大黑影。小林在机舱内找到一本日记，记载着这架飞机曾于20年前失踪，如今诡异重现。更可怕的是，乘客中有人与当年事件有关。他们必须揭开真相，否则将永远困在时间循环中。